ホーリーロードでの戦いを終え、主人公・松風天馬は、サッカーを子供たちに教えるため、沖縄にいた。 その活動を終えて、雷門に戻ってきた天馬は、サッカー棟に向かい、部員を探すが見当たらない。そこに不思議な風貌の少年「アルファ」が現れる。「お前からサッカーを消去する」200年後の未来から来たという彼らの目的は、サッカーをこの世から消去する事。圧倒的な力で打ちのめされる天馬だが、謎の少年フェイに助けられる。...

前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂...

雷门中学的足球部是一个仅有7名部员的弱小队伍。社团活动室内聚集了一批拥有各自爱好，度过糜烂每一日的部员。热血足球少年的队长·円堂守激励部员们 为了明天的比赛练习吧！。其中居然有强队帝国学园那里发来的比赛邀请。但是要比赛的话还缺少4人。而且如果不参赛的话将会关系到足球部的存活。所以无论如何为了要实现与帝国学园的比赛，円堂开始致力于一个人练习。某一天，円堂与拥有必杀射门技“火焰龙卷风”的“传说中的前锋...

波多野宪二对高速水上赛艇绕圈比赛中猿之回旋充满狂热，所以他决定成为一个赛艇选手。波多野宪二在大和赛艇学校里学习以超过一年了。跟着他终于获得第一次以赛手资格亮相！！在他那顽固的导师教导下，他每天都要施展浑身解数同和他敌对的同班同学洞口雄大及更多能手较劲。为了实显他对童年女伴许下的诺言，波多野宪二不顾一切的在水上驰骋！！...

波多野宪二对高速水上赛艇绕圈比赛中猿之回旋充满狂热，所以他决定成为一个赛艇选手。波多野宪二在大和赛艇学校里学习以超过一年了。跟着他终于获得第一次以赛手资格亮相！！...

以职业选手为目标的风见巴德遇到了前冠军黑须艾克斯——『假面X』，并组建了一个团队。 他们的目标是登上X塔的“顶端”。 然而，等待着他们的是没有人见过的激烈战斗。还有一些未知的东西，看不见的东西——“X”。 最高转速（极速）的战斗陀螺将穿越新时代！...